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Données Brutes MyHeritage - Chromosome Y

pthobie
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treb15 Escreveu:
13 setembro 2018, 16:00

Quant à moi, je précise ma source qui est l'ISOGG YBrowse avec les données de Thomas Krahn d'YSEQ dont tu retrouves le lien dans la page : https://isogg.org/tree/ISOGG_YDNA_SNP_Index.html ;)

Mais ce qui compte, c'est que le RSID rs2032613 correspond bien à M107 E1b1b1b1a1 A->G :D
Je t'ai demandé l'endroit précis où figurait l'information, or la page que tu présente ne dispose pas du rs2032613
Je suis bien d'accord sur le fait que l'ISOGG doit être la référence alors montre moi exactement l'endroit sur le site de l'ISOGG où serait écrit en 2018 et pas avant, la référence rs2032613 avec son haplogroupe et son génotype... j'aimerais pouvoir voir cela de mes yeux sur le site de l'ISOGG pour les données de 2018 stp.

treb15
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pthobie Escreveu:
13 setembro 2018, 17:12
treb15 Escreveu:
13 setembro 2018, 16:00

Quant à moi, je précise ma source qui est l'ISOGG YBrowse avec les données de Thomas Krahn d'YSEQ dont tu retrouves le lien dans la page : https://isogg.org/tree/ISOGG_YDNA_SNP_Index.html ;)

Mais ce qui compte, c'est que le RSID rs2032613 correspond bien à M107 E1b1b1b1a1 A->G :D
Je t'ai demandé l'endroit précis où figurait l'information, or la page que tu présente ne dispose pas du rs2032613
Je suis bien d'accord sur le fait que l'ISOGG doit être la référence alors montre moi exactement l'endroit sur le site de l'ISOGG où serait écrit en 2018 et pas avant, la référence rs2032613 avec son haplogroupe et son génotype... j'aimerais pouvoir voir cela de mes yeux sur le site de l'ISOGG pour les données de 2018 stp.
Ce RSID rs2032613 y est bien quand on le recherche :
ISOGG YBrowse rs2032613 M107 E1b1b1b1a1.png
Pour moi l'ISOGG YBrowse est une source fiable :!:

pthobie
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Je pense que l'on ne se comprends pas quand je parle... ;)
Tout ce que tu montre, je le sais déjà pour l'avoir parcouru en long en large et en travers...
La base de données de référence à besoin d'un ensemble de 5 informations cohérentes de la manière suivante :
"rsid","haplogroupe","position","ref","alt"

L'ISOGG à placé sur la page https://isogg.org/tree/ un ensemble de fichiers de référence téléchargeables à jour de 2018 pour les Haplogroupes de A à T.
Ces fichiers contiennent les informations de références comme désignée ci-dessus "rsid","haplogroupe","position","ref","alt", placées an bas de fichier, que l'on peux donc copier/coller pour constituer des tables de références.

Tant qu'une information n'est pas "liée" de la forme "rsid","haplogroupe","position","ref","alt", je ne peux la considérer pour ma base comme provenant de l'ISOGG officiellement puisque n'étant pas décrites dans les fichiers de référence.

Si l'on prends le cas du rsid rs2032613, il ne figure pas sur les données de référence de l'ISOGG se trouvant dans les fichiers permettant de constituer la base de référence, la seule page où il figure est une page des données de 2011, mais en 2018, je n'ai rien trouvé de semblable.

La base de référence est un objet vivant, les informations évoluent au fils du temps et des découvertes, de ce fait, il reste important de fixer une référence unique pour la source, ceci afin de fiabiliser le résultat, ou tout du moins de dire qu'il correspond à une comparaison faites à partir des données de l'époque concernée.

Si tu prends l'exemple des Haplogroupes R ou I, nombre de branches ont été remaniées ce qui entraîne des différences sur le résultat lors de la comparaison selon la base de référence choisie

treb15
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pthobie Escreveu:
07 setembro 2018, 14:20
J'ai réussi à compléter ma base ISOGG d'une dizaine de rsid complémentaires à l'aide de données d'Ancestry : rs2032613, rs2032627, rs2032644, rs3848982, rs7892893, rs9786489, rs9786587, rs13303711, rs13447345, rs17250887, rs36044179.
pthobie Escreveu:
13 setembro 2018, 14:58
Bonjour Treb15,

Quand tu dis "rs2032613 connu ISOGG 2018" , j'aimerais que tu me montre "oû"...car ce rsid appartient à l'Haplogroupe E, plus précisément le E1b1b1b1a1 et ne figure pas à la liste des rsid présents dans les fichiers téléchargeables sur le site de l'ISOGG, fichiers qui je le rappelle, permettent de constituer la base de référence, le "Bottin" en quelque sorte.
Je suis donc fortement intéressé si tu as une piste que je ne connais pas sur l'ISOGG (site officiel bien entendu), pour connaître :
le rsid, son haplogroupe de référence, sa position en build37 et son génotype variant, le Graal en quelque sorte.

Le seul endroit sur l'ISOGG où il figure est une table de 2011 et non de 2018...
https://isogg.org/tree/2011/ISOGG_YDNA_SNP_Index11.html
M107 E1b1b1b1a rs2032613 20391026 21931638 A->G or, il est maintenant en E1b1b1b1a1, je me méfie grandement des informations "anciennes", vis-à-vis des données nouvelles de l'ISOGG, ma référence étant constituée des fichiers téléchargeables de 2018 à jour situés ici :
https://isogg.org/tree/ sinon ma base de référence ne serait plus fiable.

Potentiellement, c'est peut-être effectivement une source à exploiter, mais il va falloir contrôler avec 2018 qu'il n'y ait pas d'antagonismes ou de changement de branches suite aux récentes découvertes.

Merci d'avance
pthobie Escreveu:
13 setembro 2018, 17:42
Je pense que l'on ne se comprends pas quand je parle... ;)
Tout ce que tu montre, je le sais déjà pour l'avoir parcouru en long en large et en travers...
La base de données de référence à besoin d'un ensemble de 5 informations cohérentes de la manière suivante :
"rsid","haplogroupe","position","ref","alt"

L'ISOGG à placé sur la page https://isogg.org/tree/ un ensemble de fichiers de référence téléchargeables à jour de 2018 pour les Haplogroupes de A à T.
Ces fichiers contiennent les informations de références comme désignée ci-dessus "rsid","haplogroupe","position","ref","alt", placées an bas de fichier, que l'on peux donc copier/coller pour constituer des tables de références.

Tant qu'une information n'est pas "liée" de la forme "rsid","haplogroupe","position","ref","alt", je ne peux la considérer pour ma base comme provenant de l'ISOGG officiellement puisque n'étant pas décrites dans les fichiers de référence.

Si l'on prends le cas du rsid rs2032613, il ne figure pas sur les données de référence de l'ISOGG se trouvant dans les fichiers permettant de constituer la base de référence, la seule page où il figure est une page des données de 2011, mais en 2018, je n'ai rien trouvé de semblable.

La base de référence est un objet vivant, les informations évoluent au fils du temps et des découvertes, de ce fait, il reste important de fixer une référence unique pour la source, ceci afin de fiabiliser le résultat, ou tout du moins de dire qu'il correspond à une comparaison faites à partir des données de l'époque concernée.

Si tu prends l'exemple des Haplogroupes R ou I, nombre de branches ont été remaniées ce qui entraîne des différences sur le résultat lors de la comparaison selon la base de référence choisie
Je comprend très bien notre échange ;)

On ne retrouve pas à titre d'exemple le RSID rs2032613 via le ficher excel dans la page : https://isogg.org/tree/ISOGG_YDNA_SNP_Index.html MAIS on le retrouve via le lien comme le montre ma copie d'écran sur le site (pour moi très sérieux=est une source fiable) de l'ISOGG YBrowse avec les données de Thomas Krahn d'YSEQ.

Alors je te cite "J'ai réussi à compléter ma base ISOGG d'une dizaine de rsid complémentaires à l'aide de données d'Ancestry" et d'autre part "Tant qu'une information n'est pas "liée" de la forme "rsid","haplogroupe","position","ref","alt", je ne peux la considérer pour ma base comme provenant de l'ISOGG officiellement puisque n'étant pas décrites dans les fichiers de référence."

:arrow: Il y a comme disons un os...

P.S. : Ceci uniquement pour te démontrer une incohérence, non pas pour t'embêter mais pour te faire progresser en tant qu'adepte du DIY :D

treb15
male
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cai000040 Escreveu:
06 setembro 2018, 09:57
Bonjour,

il y a un paramètre à prendre en compte quand on considère que deux positions diffèrent pour deux individus : c'est le fait que l'un ou l'autre des individus soit ou non homozygote pour cette position. (ce cas semble avoir été évoqué)
Je n'ai pas retenu comment les labos traitaient les cas d'hétérozygotie.

https://fr.wikipedia.org/wiki/Homozygote

Les positions indéterminées sont à ignorer.

Cordialement
Bonjour cai000040,

J'avais omis votre intervention :oops:

Ma question est : comment peut 'on imager et prendre en compte ce paramètre :?:

Merci par avance pour votre réponse.

cai000040
cai000040
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cai000040 Escreveu:
06 setembro 2018, 09:57
... les cas d'hétérozygotie. ... Comment ...
Bonsoir,

Il faut se reporter aux FAQ de chaque labo.
FTDNA donne les deux valeurs pour les RAW DATA du Family Finder :
https://www.familytreedna.com/learn/autosomal-ancestry/universal-dna-matching/read-family-finder-raw-data-file/
Donc si on veut comparer deux individus, il faut comparer les deux copies de chacun.

Cordialement

treb15
male
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cai000040 Escreveu:
13 setembro 2018, 21:19
cai000040 Escreveu:
06 setembro 2018, 09:57
... les cas d'hétérozygotie. ... Comment ...
Bonsoir,

Il faut se reporter aux FAQ de chaque labo.
FTDNA donne les deux valeurs pour les RAW DATA du Family Finder :
https://www.familytreedna.com/learn/autosomal-ancestry/universal-dna-matching/read-family-finder-raw-data-file/
Donc si on veut comparer deux individus, il faut comparer les deux copies de chacun.

Cordialement
Merci pour cette précision importante ;)

pthobie
pthobie
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Bonjour Treb15, certes sur ce point je te donne raison, cependant, mon fichier initial (base Libre Office) ne les contient pas pour le moment, seul mon fichier plat (Calc Libre Office) engrange les modifications pour un usage ultérieur sur lequel j'ai ajouté ta contribution.
Mais pour l'instant je reste sur mon mon fichier sans additif créé à partir des fichiers calc disponibles sur la page de l'ISOGG sans modifications.

Pour ce qui concerne les aspects homozygotes, en utilisant PLINK il est possible d'obtenir quelques informations.
Je débute pour le moment sur cet outil et la documentation pdf à lire est conséquente...
J'ai pu ainsi transformer mon fichier de données brutes 23andMe au format "Pédigrée" (*.ped) requis par le logiciel, puis le transformer dans sa forme binaire qui améliore la vitesse de traitement (*.bed) mais cela reste tout de même très long,
ainsi en tapant la commande :
plink --bfile mesbellesdonnees --homozyg
J'obtiens une série de fichiers, (*.hom 3Ko, *.hom.indiv 1Ko, et *.hom.summary 30.164Ko)
homozygotie.jpg
Mais tout cela nous éloigne du sujet principal concernant la possibilité offerte aux clients masculins de MyHeritage d'obtenir une idée de leur Haplogroupe Y.

mac489zzz
male
Mensagens: 6
Bonne nuit, comment puis-je interpréter mon chromosome Y de mon héritage:

rs20321 Y 14902414 GG (R1b-M222) o rs1469371 Y 18167479 GG (R1b-z278).

Espagnol ou irlandais?

Merci
Última edição por mac489zzz em 12 novembro 2018, 04:12, editado 1 vez no total.

pthobie
pthobie
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mac489zzz Escreveu:
08 novembro 2018, 01:39
Bonne nuit, comment puis-je interpréter mon chromosome Y de mon héritage:
rs20321 Y 14902414 GG (R1b-M222) o rs1469371 Y 18167479 GG (R1b-z278).
Espagnol ou irlandais?
Merci.
Bonjour mac489zzz, cousin R1b,
Oublie le rs20321, tu est GG, or la mutation est G vers A sur les fichiers de l'haplogroupe R de l'ISOGG, ce marqueur n'est donc pas positif.
En outre le rs1469371 est de A vers G, et celui-ci est positif.
Cependant pour conclure quoi que ce soit, il faudrait procéder à l'analyse complète de tes 482 marqueurs et faire ton arbre phylogénétique, par ailleurs, normalement MyHeritage en fourni 489, il semble qu'il t'en manque 7, évite de copier coller cette liste longue sur le forum, c'est encombrant.
Et ne pas se réjouir trop vite sur le R1b-z278 car tu est aussi positif sur le R1B-L132.2 qui est une autre voie du R1B après le P310, donc pour trancher il faudra que tu fasse un Y-SEQ ou tout autre test de détermination de ton haplogroupe Y.

A+
Patrice
Última edição por bricor em 09 novembro 2018, 19:46, editado 1 vez no total.
Razão: supression d'une partie du message hors charte

treb15
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mac489zzz Escreveu:
08 novembro 2018, 01:39
Bonne nuit, comment puis-je interpréter mon chromosome Y de mon héritage:

Merci.
Bonjour,

Voici la liste de tes SNP positifs :
SNP positifs_mac489zzz.png
Vous êtes donc au moins R-P310 et à priori même R-Z278 pour votre Paternal Haplogroup.

pthobie
pthobie
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Ce qui est vrai pour le P310, mais faux pour le Z278, car il se trouve aussi le L132.2 qui mène sur une autre piste.
Comme je l'ai déjà dis, il est impossible de trancher après le P310, les 2 voies sont possible et l'absence d'autres marqueurs ne permet pas de trancher.
Je remarque cependant que ma démarche de formation n"a pas été vaine.

treb15
male
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pthobie Escreveu:
10 novembro 2018, 10:02
Ce qui est vrai pour le P310, mais faux pour le Z278, car il se trouve aussi le L132.2 qui mène sur une autre piste.
Comme je l'ai déjà dis, il est impossible de trancher après le P310, les 2 voies sont possible et l'absence d'autres marqueurs ne permet pas de trancher.
Je remarque cependant que ma démarche de formation n"a pas été vaine.
treb15 Escreveu:
09 novembro 2018, 18:09
mac489zzz Escreveu:
08 novembro 2018, 01:39
Bonne nuit, comment puis-je interpréter mon chromosome Y de mon héritage:
Merci.
Vous êtes donc au moins R-P310 et à priori même R-Z278 pour votre Paternal Haplogroup.
Bonjour pthobie,

Comme j'ai déjà eu l’occasion de te le dire, j'apprécie nos échanges sur les sujets "techniques" et surtout grâce au défrichage du sujet et aux bonnes connaissances d'autres membres qui se reconnaitront et que je remercie ;)

Nous sommes ici sur un forum d’entraide et de partage :D

J'ai ainsi mis à profit avec un petit programme maison et j'indiquerais (le cheminement vers) le Paternal Haplogroup à partir de données brutes gratuitement à qui le souhaite.


Pour en revenir au cas (mac489zzz) présent, pour ma part et de par mon expérience, je confirme R-Z278 pour son Paternal Haplogroup.
L132.2 est un "faux positif" comme cela fût pour mon cas et d'autres rencontrés ;)


P.-S. : le nombre de rsid du chromosome Y de MyHeritage n'est pas forcément de 489 (j'ai aussi de nombreux cas qui me font office de preuves) ;)

cousinhub38
cousinhub38
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Bonjour !
Comment fait-on pour obtenir ce beau tableau, je n'ai pas trouvé sur isogg.org ?
Voici la liste de tes SNP positifs :
Merci d'avance, je sens que je vais progresser (lentement mais sûrement) !

mac489zzz
male
Mensagens: 6
pthobie Escreveu:
10 novembro 2018, 10:02
Ce qui est vrai pour le P310, mais faux pour le Z278, car il se trouve aussi le L132.2 qui mène sur une autre piste.
Comme je l'ai déjà dis, il est impossible de trancher après le P310, les 2 voies sont possible et l'absence d'autres marqueurs ne permet pas de trancher.
Je remarque cependant que ma démarche de formation n"a pas été vaine.
Bonjour, merci pour les données. Quel est le pourcentage de Z278 hors d’Espagne?. Ce groupe est également abondant chez les basques français?

Merci

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