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Genome Mate Pro

Forum sur la généalogie génétique
jerome4
male
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Genome Mate Pro

Mensagem por jerome4 »

J'ai téléchargé Genome Mate Pro, mais je crois que je ne vais pas réussir à l'utiliser ce soir!

J'ai réussi à rentrer mon profil, c'est tout ce que j'ai pu faire!
Je ne comprends rien autrement.
Il va me falloir du temps!
Cela vaut-il la peine?
treb15
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Genome Mate Pro

Mensagem por treb15 »

jerome4 Escreveu: 01 janeiro 2020, 20:24 J'ai téléchargé Genome Mate Pro, mais je crois que je ne vais pas réussir à l'utiliser ce soir!

J'ai réussi à rentrer mon profil, c'est tout ce que j'ai pu faire!
Je ne comprends rien autrement.
Il va me falloir du temps!
Cela vaut-il la peine?
De mon point de vue, GMP est un bon outils très complet mais il est vrai, tout de même assez "complexe" à mettre en œuvre au départ...

Il y a l'user guide en fin de page : https://www.getgmp.com/copy-of-download

et quelques vidéos : https://www.getgmp.com/blog/categories/videos
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jerome4
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DNA painter

Mensagem por jerome4 »

GMP me semble très bien!

Y'a juste un truc qui m'embête..
Les noms des "relatives" qui viennent de Myheritage sont affichés en une couleur qui ne permet pas ou presque pas de les lire à cause de la couleur du fond.
J'ai supprimé la couleur jaune des nouveautés, mais c'est pareil.

Quelqu'un sait-il où est-ce que je peux modifier la couleur par défaut des noms du fichier de Myheritage dans l'onglet chromosome?
treb15
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Re: Genome Mate Pro

Mensagem por treb15 »

A ma connaissance, on peut changer les couleurs du texte comme indiqué ici : https://www.geneanet.org/forum/viewtopic.php?f=77580&t=648294#p1632428

Ou aussi via l'onglet "options" puis le menu "tables" pour les couleurs des groupes.
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jerome4
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Re: DNA painter

Mensagem por jerome4 »

jerome4 Escreveu: 02 janeiro 2020, 17:07 GMP me semble très bien!

Y'a juste un truc qui m'embête..
Les noms des "relatives" qui viennent de Myheritage sont affichés en une couleur qui ne permet pas ou presque pas de les lire à cause de la couleur du fond.
J'ai supprimé la couleur jaune des nouveautés, mais c'est pareil.

Quelqu'un sait-il où est-ce que je peux modifier la couleur par défaut des noms du fichier de Myheritage dans l'onglet chromosome?
Super! Merci!

Je n'avais pas vu qu'il y a avait un fil pour Genome mate pro (le nom du fil est a renommé en mate et pas en pate :D )

Si j'ai d'autre question, j'irais donc sur celui-là...
jerome4
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Re: Genome Mate Pro

Mensagem por jerome4 »

J'ai donc commencé à étudier ce que pouvait donner mate pro. La position génomique du segment permet de voir comment il est situé par rapport aux autres. Et c'est cette partie qui m'a intéressé.

J'ai fait 7 captures d'écran de situations différentes pour m'aider à connaître l'utilité ou la non utilité d'un segment.
Je partage donc avec vous, car c'est un peu nouveau pour moi, et je ne suis pas toujours d'accord avec d'autres personnes sur d'autres forums. Donc tous commentaires sur ce que je vois sur ces captures d'écran sont le bienvenue.

Prendre en compte la longueur d'un segment est un paramètre, mais connaître sa position en est un autre, et il doit être aussi important. C'est peut-être même le seul paramètre pour débusquer les segments IBP, car ils sont très nombreux!
Je n'ai pas fait le décompte, mais il doivent constitué plus de 90% des segments partagés!

Il y a trois sortes de segments:
- les IBD (Identical by descendant): ce sont en principe ceux-là qu'on cherche: des segments hérités d'un ancêtre spécifique, et donc forcément assez récent
- les IBP (Identical by population): ce sont des segments tellement fréquents qu'on ne peut pas savoir de quel ancêtre il nous vient. Et ce, même si vous avez trouvé un cousinage généalogique!
- les IBC (Identical by chance): Certains ne voit pas de différence avec les IBP, mais disons que les faux segments, mal déterminés car non phasé avec un test d'un des parents, peuvent en faire parti.
Anexos
extrait1.png
extrait2.png
extrait3.png
extrait4.png
extrait5.png
extrait6.png
extrait7.png
cousinhub38
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Beau travail !
Je vais évidemment regarder de plus près.
Dans un premier temps :
- je n'ai pas tout à fait le même colonnage, par exemple je n'ai pas la colonne SNP, j'ai à la place une colonne Status (qui ne me sert à rien), avec GMP beta
- comment faites-vous l'alternance des couleurs sur les lignes ?
- j'ai comme vous la bizarrerie sur le chr 9 entre 38 et 80 millions, je suis content de l'apprendre, ça m'évitera de chercher sur ces segments ...
Bonne soirée
jerome4
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Re: Genome Mate Pro

Mensagem por jerome4 »

cousinhub38 Escreveu: 04 janeiro 2020, 22:10 Beau travail !
Je vais évidemment regarder de plus près.
Dans un premier temps :
- je n'ai pas tout à fait le même colonnage, par exemple je n'ai pas la colonne SNP, j'ai à la place une colonne Status (qui ne me sert à rien), avec GMP beta
- comment faites-vous l'alternance des couleurs sur les lignes ?
- j'ai comme vous la bizarrerie sur le chr 9 entre 38 et 80 millions, je suis content de l'apprendre, ça m'évitera de chercher sur ces segments ...
Bonne soirée

Mes captures d'écran ont été faites sous l'onglet "chromosomes".
Normalement vous avez les mêmes colonnes que moi.
Les couleurs apparaissent quand on rentre un groupe au segment.
J'ai choisi de mettre le nom de mon arrière-grand-parent qui a hérité du segment.
On renseigne cela dans l'onglet "relative detail".
C'est là aussi qu'on peut relier le segment aux ancêtres en commun, si on a chargé un fichier gedcom dans le logiciel, bien sûr.
cousinhub38
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La différence, c'est que vous n'utilisez pas la version beta ...
Je viens de vérifier, la colonne SNP devient "status" en version beta.
Et les couleurs sont uniformes, c'est moins joli.
Exemple :
Capture.JPG
treb15
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Re: Genome Mate Pro

Mensagem por treb15 »

jerome4 Escreveu: 04 janeiro 2020, 20:10 J'ai donc commencé à étudier ce que pouvait donner mate pro. La position génomique du segment permet de voir comment il est situé par rapport aux autres. Et c'est cette partie qui m'a intéressé.

J'ai fait 7 captures d'écran de situations différentes pour m'aider à connaître l'utilité ou la non utilité d'un segment.
Je partage donc avec vous, car c'est un peu nouveau pour moi, et je ne suis pas toujours d'accord avec d'autres personnes sur d'autres forums. Donc tous commentaires sur ce que je vois sur ces captures d'écran sont le bienvenue.
Bonjour,

J'avais vu l'échange des points de vue via le forum Anthrogenica.
Je me pose moi même, pas mal de questions à ce sujet... car tout n'est peut être pas aussi défini et ordonné que ce que l'on peut penser...
Et les modèles "informatisés" de clusters ne prennent pas en compte toute la complexité...
Au plaisir d'apporter prochainement, mon petit commentaire, vis à vis des copies d'écran ;)
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jerome4
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Re: Genome Mate Pro

Mensagem por jerome4 »

cousinhub38 Escreveu: 05 janeiro 2020, 10:44 La différence, c'est que vous n'utilisez pas la version beta ...
Je viens de vérifier, la colonne SNP devient "status" en version beta.
Et les couleurs sont uniformes, c'est moins joli.
Exemple :
Capture.JPG
Si c'est la couleur jaune dont vous parler, c'est à cause du statut "new".
Dans deux jours (paramètre par défaut), la couleur jaune disparaîtra.
Sinon on peut changer le nombre de jours des nouveautés: onglet option, et app setting
jerome4
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Re: Genome Mate Pro

Mensagem por jerome4 »

treb15 Escreveu: 05 janeiro 2020, 11:08 Je me pose moi même, pas mal de questions à ce sujet... car tout n'est peut être pas aussi défini et ordonné que ce que l'on peut penser...

C'est clair!
Le sujet sur anthro, c'était sur la triangulation.
Selon moi, il ne faut pas croire que les triangulations soient la preuve qu'on a affaire à un segment IBD, sauf pour des ancêtres de générations très récentes.
Pour des ancêtres en commun plus lointain, une triangulation est presque la preuve du contraire, c'est à dire qu'on a affaire à un segment IBP!
cousinhub38
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Dans deux jours (paramètre par défaut), la couleur jaune disparaîtra.
Sinon on peut changer le nombre de jours des nouveautés: onglet option, et app setting
Trop fort GMP.
Trop fort jerome4.
Trop fort treb15, et d'autres.
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J'ai fait 7 captures d'écran de situations différentes pour m'aider à connaître l'utilité ou la non utilité d'un segment.
A la lueur de ces jolis tableaux pédagogiques, j'ai repris mes données et mieux discerner IBD et IBP.
C'est beaucoup de travail, assez décevant au bout du compte car le principal écueil est que ... les gens ne répondent pas.
J'ai une cinquantaine d'italo-américains et qq français, aucun ne répond aux sollicitations et aucun n'a un arbre généalogique au-delà de leurs GP, ce qui ne suffit pas à les identifier. La généalogie ne semble pas être leur préoccupation.

En comparaison, MyHeritage avec ses "auto-clusters" m'a déterminé 2 "clusters" (clairement mon père et ma mère, géographiquement distincts) avec dans chacun tous mes cousins connus et tous les inconnus (ceux qui ne répondent pas), tout ça sans travail ...
jerome4
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Re: Genome Mate Pro

Mensagem por jerome4 »

Oui, très peu de réponse.
Je pense que beaucoup font un test ADN par curiosité et s'en désintéresse aussi vite qu'ils s'y sont intéressé!

Pour les clusters de myheritage, je l'ai regardé vite fait pare ce qu'ils ne m'apporte rien.
Ce ne sont que des IBP, sauf peut-être 1.

Dans le premier cluster de 20 personnes, j'ai 9 suédois, 7 américains, 1 polonais, 2 russes et 1 allemand
Dans un autre, 4 norvégiens et 1 américain.
Dans un autre, 2 suédois et 1 américain.
Je dois avoir des ancêtres viking ou quoi?

J'ai un cluster avec 3 français dont un père et son fils, ceux-là je pense qu'il y a un lien généalogique, mais ne répondent pas.

Autrement, les 6 autres clusters, sont assez variés: des américains, 1 Irlandais, 1 canadien, 1 Polonais, 2 Allemands, 1 GB, 1 Norvègien, 1 Ukrainien, 1 Slovéne, 1 Australien et 2 Néerlandais .
Donc, ce sont clairement des IBP

Les IBD, je les ai trouvé manuellement, sur le site de myheritage ou par l'intermédiaire de genome mate pro, sans lequel je serais sans doute passé à coté.

Sinon, des fois avec les grands-parents, j'arrive à faire leur arbre généalogique.
La nouvelle base de l'insee des décédés entre 1970 à nos jours, disponible sur geneanet pour les membre premium, m'a permit de remonter les années non-disponibles dans l'Etat-civil de deux ou trois cousins
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