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Exploitation des relatives - méthode possible

mosaique
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treb15 Escreveu:
07 maio 2019, 16:41
Un autre outil qui intègre toutes les informations glanées sur les sites des fournisseurs est Genome Mate Pro (gratuit).
Le fil en question : https://www.geneanet.org/forum/viewtopic.php?f=77580&t=623548

Pour ma part, je resterais sur ma position vis à vis des correspondances faibles et non significatives ... et sur le fait d'être assez déçu pour retrouver et essayer de combler des "nés d'inconnus" ...




mosaique Escreveu:
07 maio 2019, 15:27
Bingo! Je suis loin d'être au bout de mes peines mais cette étape est réussie, c'est déja miraculeux.
Merci!
Pas tout à fait car vous êtes avec les guillemets et non seulement les valeurs...
Oui, il me reste à trouver comment les supprimer, oui.

treb15
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mosaique Escreveu:
07 maio 2019, 18:52
treb15 Escreveu:
07 maio 2019, 16:41

Pas tout à fait car vous êtes avec les guillemets et non seulement les valeurs...
Oui, il me reste à trouver comment les supprimer, oui.
Le mieux est de refaire l'importation de façon "propre" ;)

Cela se voit, dès la vue suivante où les données sont déjà comme il faut dans la vue du tableau:
Imagem


Si besoin, essayez de cocher champ entre guillemets comme texte.

A tester aussi, de renommer l'extension de votre fichier de données brutes de .csv à .txt puis de refaire l'importation à partir de ce fichier .txt ;)
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pthobie
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Sinon, le moyen simple pour supprimer les guillemets à postériori est d'utiliser la fonction rechercher/remplacer de LibreOffice Calc, c'est dans le menu "Edition", la fonction se nomme " Rechercher & Remplacer", son raccourcis est CTRL+H.
Il suffit de remplacer le guillemet par rien, et le tour est joué, pour ce qui concerne les points en lieu et place des virgules, c'est identique, on remplace les points par des virgules.

pthobie
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treb15 Escreveu:
07 maio 2019, 16:41
Pour ma part, je resterais sur ma position vis à vis des correspondances faibles et non significatives ... et sur le fait d'être assez déçu pour retrouver et essayer de combler des "nés d'inconnus" ...
Je t'accorde qu'il m'a fallut beaucoup de chance pour dénicher mes 9 cousins, mais c'est aussi et surtout le résultat d'un énorme travail pour construire pas mal d'arbre à 10 générations et de bons yeux et une bonne mémoire pour repérer des noms communs à l'ensemble.

Sans échange avec mes cousins sur leur ascendance, la probabilité de construire un arbre commun est quasi nulle, i s'agit avant tout de partager l'information avec ces derniers pour converger vers la bonne voie. Ce n'est donc qu'après avoir bâtis pas mal d'arbre que la lumière est venue récompenser les efforts. Je peux dire maintenant que la construction physique réelle rejoint l'abstraction des mathématiques, et qu'en conséquence la réciprocité est vrai, de l'abstraction mathématique, il est possible de construire un modèle de dendrogramme assez proche de la réalité, mais il faut des compétences en mathématiques très pointues.

Quand votre tableau de relatives est trié par ordre croissant de chromosomes, de points de départ dans le chromosome et de longueur de segment, une certaine forme d'organisation saute aux yeux, et comme nous ne pouvons faire qu'une chose à la fois, il convient alors de prendre un groupe parmi toux ceux disponibles et de tenter sa chance.

Mon groupe était au début, comme le montre ma première image (au début du post), composé de 19 cousins présent sur mon chromosome n°7 de la position 105907311 à 121790934. de plus parmi ces 19 relatives, j'ai remarqué qu'ils existaient des regroupements possible de plus petit groupes identiques.

A cette étape j'ignorais le niveau de relation qui existait "entre-eux", seul la relation entre eux et moi m'étais connue puisque présente dans une colonne de mon tableau de relatives en csv et allant de 0.10 à 0.16% donc assez faible.

M'est venu l'idée de construire une matrice dont la première colonne contenait le pourcentage partagé avec moi et chacun des 19 relatives, puis entre chacun d'entre -eux ce qui donne ma matrice présentée dans le post n°2 du début pour les 9 premiers.

Là c'est déjà plus de temps à passer, car il faut ouvrir une par une les fiches des relatives et chercher dans le tableau situé en bas de page, les pourcentages entre-eux et les autres.

Pour gagner du temps et ne pas revenir sans arrêt sur les fiches des uns et des autres, j'ai fait un copier coller des données, celui-ci avait 48 relatives en commun, l'autre 64, un autre encore 145, peu importe, j'ai fait un copier/coller des données vers notepad++ afin de produire une structure de table html insérée sur mes fiches geneanet de chacun de mes relatives, c'est un travail énorme, mais bénéfique (voir image ci-jointe qui donne le résultat d'une table html insérée dans le champ texte de geneanet.

La fiche 23andMe d'une relative ne donne que 10 lignes par 10 lignes, il faut donc copier/coller l'ensemble pour ne former plus qu'une seule et unique table. Les balises html font le reste,voir sur le net la construction de table html qui n'est pas le propos de mon post.

Encore une fois la chance a bien voulu que mes relatives cibles me répondent et me fournissent les éléments d'informations pour construire leur arbres généalogiques, c'est en construisant ces arbres que j'ai découvert le lien commun entre mes 9 relatives et pu construire la structure présente dans mon poste n°3.

Pour finir et me coucher, car il est fort tard maintenant,(01:06) ma structure ne comporte que 8 générations entre le plus haut et le plus bas, les relations entre demi-frère et demi-sœurs sont établies par les intéressés eux-même, de même pour les relations mère-fils ou cousines germaines, et cousins premier, et se vérifient par les arbres généalogiques, il ne suffit plus que de lire les pourcentages de la matrice pour comprendre qu'il n'y a pas de valeur "non-significative", il y a des valeurs qui ne prennent un sens qu'au regard de la position relative des uns et des autre sur un arbre ou un dendrogramme, selon que l'on construise du physique vers l'abstrait, ou de l'abstrait vers le modèle du physique.
Anexos
table_html.jpg

pthobie
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Suite de l'exploitation avec un autre exemple,
Après avoir repéré sur un chromosome à l'aide du fichier préalablement téléchargé, mis en forme sur le tableur et trié comme il se doit, un groupe de relatives partageant le même segment d'un même chromosome, j'en compose une matrice diagonale carrée vierge.

A ce stade de la matrice, seule la colonne ou la ligne (selon le choix de chacun) est remplie des pourcentages partagés entre vous et la liste de relatives, reste à trouver les pourcentages entre les relatives eux-même, long et fastidieux travail dépendant de la taille de la matrice, plus il y aura de relatives, plus il y aura de travail et attention aux erreurs de saisie.

Sur 23andMe, se trouve un outils de comparaison de chromosome, par défaut, votre profil est sélectionné en premier et vous avez la possibilité d'ajouter les relatives à comparer. Comme nous connaissons déjà notre pourcentage, la comparaison entre les relatives et nous même est inutile, il faut donc comparer "un à un" les relatives entre eux.
Pour cela, vous prenez arbitrairement, votre relative de la première ligne ou colonne de votre matrice et vous le comparez avec chacun des autres de la liste et notez le pourcentage affiché dans votre matrice dans la case croisant l'un et l'autre des relatives.

Vous obtenez ainsi une matrice diagonale carrée, qui si vous la transposez, sera identique à ce qu'elle était à l'origine, le tableur dispose d'une fonction de copier/coller permettant la transposition de matrices. A ce stade la matrice n'est pas encore triée.
Pour trier la matrice et voir apparaître visuellement les relations de proximité, j'ajoute une nouvelle ligne en fin de matrice ainsi qu'une nouvelle colonne en fin de matrice. Ces ligne et colonne vont recevoir la somme des pourcentages.
Il suffit alors de trier sur la matrice par ordre décroissant de sommes sur la dernière colonne, puis de transposer la matrice et de refaire à nouveau le trie, la matrice s'organisa alors sur sa diagonale proprement et les relations sont clairement visibles.
C'était là le travail le plus facile, reste maintenant à bâtir les arbres généalogiques de ces relatives par la bonne vielle méthode de la recherche généalogique et trouver le MRCA qui lie l'ensemble de ces relatives entre les générations 1 à 10 maximum avec les pourcentages allant de 50% à 0,07%.

Il est aussi possible d'utiliser cette matrice pour construire un dendrogramme de clusters permettant d'avoir une idée des relations potentielles entre les relatives, à l'aide du logiciel de traitement statistique "R", cependant, si vous n'avez pas l'âme d'un mathématicien ou développeur informatique, je vous déconseille de vous aventurer dans ce domaine qui nécessite de solides compétences et un investissement en connaissance conséquent.
Anexos
matrive transposée et triée 2.jpg

treb15
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pthobie Escreveu:
08 maio 2019, 01:06
treb15 Escreveu:
07 maio 2019, 16:41
Pour ma part, je resterais sur ma position vis à vis des correspondances faibles et non significatives ... et sur le fait d'être assez déçu pour retrouver et essayer de combler des "nés d'inconnus" ...
Je t'accorde qu'il m'a fallut beaucoup de chance pour dénicher mes 9 cousins, mais c'est aussi et surtout le résultat d'un énorme travail pour construire pas mal d'arbre à 10 générations et de bons yeux et une bonne mémoire pour repérer des noms communs à l'ensemble.

Sans échange avec mes cousins sur leur ascendance, la probabilité de construire un arbre commun est quasi nulle, i s'agit avant tout de partager l'information avec ces derniers pour converger vers la bonne voie. Ce n'est donc qu'après avoir bâtis pas mal d'arbre que la lumière est venue récompenser les efforts. Je peux dire maintenant que la construction physique réelle rejoint l'abstraction des mathématiques, et qu'en conséquence la réciprocité est vrai...

Bonjour pthobie,

Je reviens, si vous le voulez bien, vers votre découverte de 9 cousins.
Cela est très sympathique pour vous.
Mais signifie-t'il que vous avez trouvé aussi des liaisons via la généalogie classique et\ou seulement via la triangulation des données des relatives.

Et plus concrètement, au niveau de la triangulation des données des relatives quel est le pourcentage d'ADN partagé entre ces 9 cousins et vous-même :?:


Car dans l'exemple affiché sur le chromosome 7, le pourcentages est de maximum 0,16 % d'ADN partagé :

Imagem
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pthobie
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A la question : "Mais signifie-t'il que vous avez trouvé aussi des liaisons via la généalogie classique et\ou seulement via la triangulation des données des relatives."
la réponse était : "mais c'est aussi et surtout le résultat d'un énorme travail pour construire pas mal d'arbre à 10 générations et de bons yeux et une bonne mémoire pour repérer des noms communs à l'ensemble" - la généalogie traditionnelle.
renforcé de : "Sans échange avec mes cousins sur leur ascendance, la probabilité de construire un arbre commun est quasi nulle, il s'agit avant tout de partager l'information avec ces derniers pour converger vers la bonne voie. Ce n'est donc qu'après avoir bâtis pas mal d'arbres que la lumière est venue récompenser les efforts.."

De plus, sur la page 1 du post, tout au début : "J'ai donc recherché les pourcentages qu'ils avaient entre eux en commun, ce qui donne la matrice suivante " et s'y trouve un exemple de la matrice des pourcentages, travail ô combien chronophage mais indispensable. (un autre exemple de matrice se trouve sur la page 2 - pour clarifier, ces matrices ne sont pas le résultat d'un quelconque calcul, mais simplement le fruit de la lecture des informations mis-à disposition sur 23andMe, il faut donc ouvrir une par une les fiches de relatives et comparer un à un les cousins entre eux puis noter la valeur indiqué dans la matrice, c'est beaucoup de temps à passer, mais cela est nécessaire, le traitement mathématique de classement n'arrive qu'après et n'est pas nécessaire au-delà de l'esthétique de la matrice ou de la volonté de construire un dendrogramme probable mais distinct de la réalité)

Et finalement, sur le post suivant, j'ai présenté l'exemple de l'arbre commun à l'ensemble, sur lequel j'ai encore greffé un autre cousin américain récemment, cet arbre commun étant bien entendu issu du croisement de l'ensemble des arbres construis pour l'analyse dont je n'ai retenu que les branches communes nécessaire à la présentation des résultats.

Et enfin, la problématique des pourcentage, et les discours qui vont avec.
Deux relatives que je nommerai A (Connie) et B (Renee) se trouvent respectivement pour A à 7 générations et pour B à 8 générations du MRCA, A et B partagent 0.12%, c'est un fait, non un calcul. J'ai 0.13% avec A et 0.11% avec B
Entre A et C (Mary Anette) se trouvent respectivement 7 générations et A et C partagent 0.66%, moi 0.13% avec A, et 0.16% avec B
etc... etc...l'analyse des pourcentages entre les 9 cousins montrent que même avec 0.10 ou 0.11%, les relations se trouvent comprises dans les 7 à 8 générations, donc possibles à trouver par le croisement des arbres, quand on dispose des arbres bien évidement.

Ci-dessous, l'exemple dont il est question ici, les cases bleues correspondent au masculin, les cases roses au féminin, et les cases terminales jaune sont les 9 cousins, la matrice présentée au début du post donne les pourcentages entre les 9 cousins + moi.
Cet exemple n'est là que pour vous montrer que les pourcentages dépendent certes du niveau de la génération considérée mais aussi du hasard des combinaisons.. Ainsi le contre-exemple existe aussi, j'ai sur un autre chromosome, un groupe de cousins, partageant le même segment et la même quantité de SNPs, mais visiblement pas la même qualité, ces derniers n'ayant aucun pourcentages visibles entre-eux. Il faut donc prendre l'ensemble des 1245 cousins et regarder les grand groupes, et les analyser un par uns, plus il y en a, plus la probabilité de trouver des relations sera grande, donc au boulot !!
Anexos
9 cousins.jpg

treb15
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Merci pour la tentative d'éclaircissement qui me permet d'un peu mieux "décrypter" le cas exposé.
Non pas la démarche de triangulation des données des relatives, que je maitrise mais la fiabilité de votre démarche \ analyse, quoique la réponse n'est pas non plus, vraiment adaptée et aisée...

Afin de saisir, cette liaison, avec cette lignée aux USA, pour votre ascendante ayant un fils naturel né de père inconnu.

Mon attente, était une réponse plus "concrète".



Je conclurai sur le fait, que tant mieux pour vous, si cela vous va ainsi, mais pour ma part, je m'interroge vis à vis de ce vraiment minuscule bout d'ADN...
Modérateur bénévole

lessacam
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Bonjour,

Suite à mes résultats MyHeritage, j'ai décidé pour y voir un peu plus clair de suivre un peu votre méthode, en faisant un tableau excel assez simple des correspondances adn. J'ai fait un feuillet par chromosome
J'y ai mis les colonnes suivantes pour l'instant : nom, chromosome, lieu de départ, centimorgans, SNP, total cm partagé, % adn partagé, nbre segments, segment le plus long, relation estimée, âge, pays et sexe.
J'ai masqué les correspondances inférieures à 9 cm (sauf si groupe avec le même lieu de départ dont un des correspondants a un chiffre supérieur à 9) et je remplis le tableau avec les données fournies sur la correspondance myhéritage.

Déjà est ce que vous pensez que ma méthode est correcte ?

Ensuite j'ai décidé de griser les personnes pour lesquelles myheritage donne une fiabilité moyenne, et mettre en grisé et italique celles où la fiabilité est faible. Et c'est là que ça se complique un peu : j'ai des personnes qui ont entre 10 et 20cm partagé avec moi par exemple (en 1, 2 ou 3 segments), et dont la fiabilité est faible, et d'autres non. Faut il tenir compte de cette fiabilité donnée par myheritage ?

Et autre petite question, j'ai un cousin assez proche découvert aux USA que j'essaie de contacter via myheritage et je n'ai pas de réponse, vu qu'apparemment vous arrivez à trouver pas mal de personnes américaines, savez vous de quelle autre façon je peux le contacter ?

Merci pour vos réponses

treb15
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lessacam Escreveu:
31 maio 2019, 17:36
Bonjour,

Suite à mes résultats MyHeritage, j'ai décidé pour y voir un peu plus clair de suivre un peu votre méthode, en faisant un tableau excel assez simple des correspondances adn. J'ai fait un feuillet par chromosome
J'y ai mis les colonnes suivantes pour l'instant : nom, chromosome, lieu de départ, centimorgans, SNP, total cm partagé, % adn partagé, nbre segments, segment le plus long, relation estimée, âge, pays et sexe.
J'ai masqué les correspondances inférieures à 9 cm (sauf si groupe avec le même lieu de départ dont un des correspondants a un chiffre supérieur à 9) et je remplis le tableau avec les données fournies sur la correspondance myhéritage.

Déjà est ce que vous pensez que ma méthode est correcte ?

Ensuite j'ai décidé de griser les personnes pour lesquelles myheritage donne une fiabilité moyenne, et mettre en grisé et italique celles où la fiabilité est faible. Et c'est là que ça se complique un peu : j'ai des personnes qui ont entre 10 et 20cm partagé avec moi par exemple (en 1, 2 ou 3 segments), et dont la fiabilité est faible, et d'autres non. Faut il tenir compte de cette fiabilité donnée par myheritage ?

Et autre petite question, j'ai un cousin assez proche découvert aux USA que j'essaie de contacter via myheritage et je n'ai pas de réponse, vu qu'apparemment vous arrivez à trouver pas mal de personnes américaines, savez vous de quelle autre façon je peux le contacter ?

Merci pour vos réponses

Bonjour,

Vous avez pour commencer, un bel arbre généalogique et à priori, plutôt géographiquement sur le nord de la France et un peu de la Bretagne.
Ainsi, sur de nombreuses générations, vous "connaissez" déjà une grande partie de vos cousinages ;)

La triangulation des données des relatives est une méthode qui peut porter à des réels résultats de cousinages assez "lointains" sous réserve de quelques préalables comme le fait que les correspondances ADN soient en adéquations avec des généalogies classiques déjà établie et ainsi que cela "correspond" géographiquement au niveau du point de liaison.


Ceci est aussi à coupler avec [analyse] correspondances\matchs ADN: détection et prédiction des relations
Modérateur bénévole

pthobie
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Bonjour Lessacam,

2 points :
1 - votre fichier,
2 - votre contact.

Pour ce qui concerne le point n°1, ravi de voir quelqu'un qui ne reste pas passif devant une liste de relatives et qui décide d'en faire quelque chose. La première étape est franchie, établir une liste et focaliser sur un groupe qui semble prometteur.
La seconde étape consiste à rajouter autant de colonnes qu'il y a de relatives dans le groupe afin de construire une matrice.
Dans cette matrice, vous allez reporter les % existant entre l'ensemble des relatives du groupe, ce qui va permettre de voir se dégager un regroupement, ou pas, tout dépends à ce stade de votre degré de chance, soit vous êtes tombé sur le bon filon, soit pas, c'est comme creuser un mine en cherchant de l'or, il y a des indices prometteurs, mais rien n'est certain.

Pour ce qui concerne le point n°2, j'utilise les outils gratuits habituels, plus la personne à placé d'informations, plus simple sera la recherche, moins il y en a, plus c'est compliqué. Encore une fois la chance est de mise, soit vous avez la chance d'avoir des relatives avec des prénoms et noms remarquables, soit pas, rien de pire qu'un John SMITH, et je sais de quoi je parle car j'en ai quelques un en boutique....Malheureusement pour nous, certains sites Américains, réagissent mal vis-à-vis de la législation Européenne sur le RGPD et nous interdisent l'accès à l'information depuis une adresse IP Européenne, contournable par VPN cependant.
mes petits outils gratuits :
- Fastpeoplesearch ( localisation des personnes et leurs relatives, âges, lieu etc...)
- Familysearch (actes, arbres, etc...)
- Find a grave ( sépultures )
- google pour les obituaries/obituary
- geneanet dans une moindre mesure, mais parfois quand un cousin match avec un arbre existant.
Pour la manipulation de ces petits outils, il faut de la chance, encore et toujours, soit vous en avez, soit vous n'en avez pas...Parfois certains obituary sont une mine d'or en matière d'informations sur la famille élargie, soit ils sont succincts...
Une fois la certitude établie concernant un cousin, lointain ou pas, le plus simple est d'utiliser l'outil contact du site considéré (23andMe ou MyHeritage), encore un fois la chance est au rendez-vous ou pas...certains ne répondent pas via le site, mais le font volontiers via Facebook, une fois localisé la personne, son âge et son lieu de vie, la recherche sur facebook diminue le nombre de candidats.

A ce jour, j'ai 1256 relatives, bien entendu, tous ne me répondent pas, pour une raison simple, certains sont déjà là depuis des lustres et sont passé à autre chose, et d'autres sont à ce jour trépassé, ce qui nous montre un certain retard de notre coté, mais par chance, encore une fois, certains ont des enfants, ou des petits enfants présents aussi dans cette liste de relatives. Le fait que certains nés entre 1925 et 1945 disparaissent devrait nous inciter à nous presser pour les contacter, le temps presse.

Dans cet échange inter-continents, la langue anglaise est un vrai plus, cependant certains de mes relatives de Louisiane parlent encore français, mais il est tout de même préférable d'utiliser l'anglais.
Voilà ce que je peux vous dire sur ces deux points.
Bon courage Lessacam dans cette aventure, c'est toujours mieux d'être acteur que spectateur.

pthobie
pthobie
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Bonjour à toutes et à tous,
État d’avancement de mes travaux concernant mon groupe (Cluster) situé sur mon chromosome n°7 segment 105907311-122242645
En sus de mes recherches sur 23andMe sont venues se greffer d'autres parents (Relatives) en provenance de sources diverses telles que Gedmatch Genesis, WikiTree, FamilyTreeDNA et MyHeritage, ainsi ais-je découvert d'autres petites portions d'autres chromosomes pour d'autres cousins se raccrochant au même MRCA constitué du couple de William WISE et Sarah Margaret DENMARK.

Etat actuel : 1366 relatives sur 23andMe (sans compter ceux de FamilyTreeDNA, Gedmatch et MyHeritage dont certains sont communs) et en ce moment même 4 nouveaux Américains avec des pourcentages intéressant de 1.36% à 0.90%, jamais vu cela sauf du coté de ma mère où j'ai pu donner à mes cousins leur généalogie du VietNam qu'ils ne connaissaient pas. Donc ici bon espoir de trouver encore quelque chose d'autre, saut dans l'inconnu, chouette !
Anexos
Wise-Denmark_Cluster_07_august_2019_anonym.jpg

typhaine31
female
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pthobie Escreveu:
05 maio 2019, 23:56
Pour finir, voici la liste des outils tous "gratuits" fort utiles qui ont été utilisé au delà des échanges avec mes cousins :
- Google (legacy, obituaries)
- Fastpeoplesearch (localisation, âge et relatives)
- Find a Grave (cimetières, relatives, obituaries)
- Familysearch
- Geneanet ( dans une moindre mesure, mais tout de même un peu, geneastar)
Bravo à vous et merci pour ce partage extrêmement intéressant.

Pour les Américains, j'utilise aussi beaucoup les Whitepages.
Et Ancestry est payant mais vous permettrait de gagner un temps incroyable (on y trouve des relevés d'actes concernant des personnes vivantes).

cousinhub38
cousinhub38
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Bonjour,
Pour info, je viens de découvrir un outil visuel de MyHeritage pour comparer les matches : autoclusters
https://www.myheritage.fr/dna/autoclusters?s=311310221


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